Molto prima che fosse tracciata una sola strada, il luogo dove oggi sorge San Cristóbal de La Laguna era conosciuto dai guanci come Aguere, un fertile altopiano del nord-est di Tenerife che ospitava una laguna stagionale. La piana di Aguere è ascritta al menceyato di Tegueste, sebbene venga anche descritta come pascolo comunale al confine tra Tegueste, Anaga, Güímar e Tacoronte. L'acqua, il fresco e i pascoli facevano di Aguere un crocevia di transito e transumanza per i pastori guanci, e la laguna stessa lasciò la sua impronta nel nome con cui la città sarebbe stata conosciuta per sempre. Nelle vicinanze di questa valle si combatté inoltre uno degli episodi decisivi della conquista dell'isola.

La fondazione della città è legata ad Alonso Fernández de Lugo, adelantado e conquistatore di La Palma e Tenerife. Dopo aver portato a termine la conquista dell'isola nel 1496, Fernández de Lugo scelse la piana di Aguere per stabilire il primo nucleo stabile di potere castigliano, e tra il 1496 e il 1497 nacque San Cristóbal de La Laguna. Il 20 ottobre 1497 si tenne la prima riunione del Cabildo, simbolo del nuovo ordine amministrativo. La Laguna divenne così la prima capitale di Tenerife e il centro politico, religioso e culturale dell'isola per secoli, ruolo che non avrebbe ceduto a Santa Cruz fino alla metà del XIX secolo.

Ciò che rende La Laguna un caso unico è il suo urbanismo. La città non nacque in modo spontaneo né cinta da mura, ma fu concepita come una «città-territorio» tracciata secondo i principi umanisti del Rinascimento, con una pianta a scacchiera ordinata con strumenti di navigazione e aperta al paesaggio, senza bisogno di mura perché i burroni e la laguna stessa fungevano da difesa naturale. Presto convergirono due nuclei, la Villa de Arriba, attorno alla chiesa della Concepción, e la Villa de Abajo. Questo modello di città reticolare e non fortificata è considerato il primo esempio del suo genere e servì da ispirazione diretta per molte città coloniali fondate in seguito in America.

I riconoscimenti arrivarono presto e si protrassero nel tempo: la regina Giovanna I concesse alla villa il suo titolo e stemma nel 1510, Carlo I le conferì il rango di città nel 1531 e il titolo di Nobile e Leale nel 1534. Secoli più tardi, il 2 dicembre 1999, l'UNESCO iscrisse il complesso storico di San Cristóbal de La Laguna nella lista del Patrimonio Mondiale, riconoscendo l'autenticità del suo tracciato e la ricchezza delle sue case signorili, conventi e templi come testimonianza eccezionale della prima città coloniale non fortificata.

La Laguna è inoltre città universitaria per eccellenza. Le sue radici accademiche risalgono al 1701, ma la prima Università Letteraria dell'arcipelago, quella di San Fernando, fu ordinata di creare con un Regio Decreto di Carlo IV dell'11 marzo 1792, sebbene non avrebbe aperto le sue porte fino al 1817. Erede di quell'istituzione, l'attuale Università di La Laguna riempie oggi le strade di studenti e dota la città di un'atmosfera giovane, culturale e viva che convive con la solennità del suo centro storico.

Quel centro storico dispiega un patrimonio straordinario. Accanto alla Cattedrale di Nuestra Señora de los Remedios e alla chiesa della Concepción, la parrocchia più antica di Tenerife con la sua celebre torre, spiccano il Real Santuario del Santísimo Cristo, conventi come quello di Santa Catalina de Siena o di San Agustín, e una successione di palazzi e dimore con i loro caratteristici patii canari, balconi di tea e portali scolpiti. Strade come quella di San Agustín o quella dell'Adelantado conservano intatto il sapore della città di mercanti e aristocratici che fu.

La Laguna guarda infine alla natura attraverso il massiccio di Anaga, dichiarato Riserva della Biosfera dall'UNESCO il 9 giugno 2015. Condiviso con Santa Cruz e Tegueste, questo antichissimo massiccio conserva una delle maggiori estensioni di laurisilva del mondo e la più alta concentrazione di specie endemiche d'Europa. Tra il rigore della sua pianta rinascimentale, il fermento universitario, la devozione delle sue feste e la nebbia dei boschi di Anaga, la città attuale mantiene viva, come poche, la memoria di cinque secoli di storia.