Les racines de San Miguel de Abona plongent dans la population guanche du menceyat ou royaume d'Abona, l'un des neuf royaumes en lesquels se divisait Tenerife avant la conquête castillane. Ce territoire aborigène s'étendait approximativement du ravin de Chasna, à la limite d'Adeje, jusqu'au ravin d'Erques, frontière avec Güímar. La commune conserve un patrimoine archéologique extrêmement riche – environ deux cents gisements catalogués –, qui la place parmi les sites de plus grande valeur ethnographique de l'île. Des grottes d'habitation et de sépulture dans des ravins comme celui de l'Orchilla, des gravures rupestres et des stations de cupules et de canaux, ainsi que le remarquable ensemble de l'oratoire de Guargacho, témoignent de la profonde occupation préhispanique de ces medianías méridionales.

Après la conquête, les terres d'Abona furent réparties et firent pendant des siècles partie du vaste domaine de Vilaflor (Chasna). Le noyau fondateur de San Miguel naquit autour de 1665, lorsque des descendants du conquérant Fernando García del Castillo érigèrent une petite chapelle dédiée à l'archange saint Michel, dont le village tira son nom. L'établissement, blotti dans une douce vallée des medianías avec accès à l'eau et aux matériaux de construction, grandit à l'abri du culte et du chemin royal. En 1796, la chapelle fut élevée au rang de paroisse et, en 1798, San Miguel parvint à se séparer de Vilaflor et à se constituer en commune indépendante.

Le centre historique se développa suivant le modèle de tracé linéaire caractéristique des villages des medianías : les maisons s'alignèrent le long de la calle de la Iglesia, ancien chemin royal qui reliait Granadilla et San Miguel au Valle de San Lorenzo. Autour de cet axe s'éleva un ensemble d'architecture domestique traditionnelle canarienne – maisons de plain-pied et demeures seigneuriales avec patios intérieurs, fenêtres à guillotine, toitures de tuiles arabes et terrasses – érigé entre les XVIIIe et XXe siècles à la faveur de la bourgeoisie agraire. Le centre est dominé par l'église de San Miguel Arcángel, connue comme la "Cathédrale du Sud", la Casa de El Capitán (aujourd'hui Museo de Historia) et l'ensemble d'El Calvario. En 2013, ce noyau fut déclaré Bien d'Intérêt Culturel dans la catégorie Ensemble Historique, car il constitue l'un des centres traditionnels les mieux conservés du sud de Tenerife.

San Miguel de Abona est aussi le berceau de l'un des grands noms de la culture canarienne : le médecin, anthropologue, ethnographe et historien Juan Bethencourt Alfonso (1847-1913), né dans une maison de plain-pied du centre. Fondateur du Cabinet Scientifique de Santa Cruz de Tenerife et collaborateur du Museo Canario, il consacra sa vie à l'étude du peuple aborigène. Son œuvre majeure, la monumentale "Histoire du peuple guanche", achevée peu avant sa mort, demeura inédite pendant des décennies jusqu'à sa publication à la fin du XXe siècle, devenant une référence incontournable pour la préhistoire de l'île.

L'économie de la commune fut traditionnellement agricole et pastorale. Dans les medianías, on cultiva d'abord des céréales de sec – blé et orge – et, avec l'arrivée des canalisations d'eau, prospérèrent des cultures d'exportation comme la pomme de terre, complétées par la cochenille et la taille de pierre. À partir des années 1960, cependant, la commune connut une profonde transformation : l'exode rural mena une bonne partie de la population vers la bande côtière – Las Chafiras, Guargacho, Aldea Blanca, Golf del Sur –, où l'essor du tourisme et du secteur des services ouvrait de nouvelles perspectives.

La côte de San Miguel devint ainsi l'un des pôles touristiques du sud de Tenerife, spécialisé dans un tourisme résidentiel lié au golf. En 1987 fut inauguré Golf del Sur, conçu par Manuel Piñero, et en 1988 Amarilla Golf, œuvre de Donald Steel, deux parcours de 18 trous déployés sur le paysage volcanique en bord de mer. Aujourd'hui, San Miguel de Abona dépasse les 23 000 habitants et vit une double réalité : celle du centre historique des medianías, qui veille sur la mémoire du village, et celle d'une côte cosmopolite et en pleine croissance qui concentre la majeure partie de la population et de l'activité économique de la commune.