Puerto de la Cruz naît au XVIe siècle comme simple embarcadère et village de pêcheurs sur la côte de La Orotava, à l'endroit où la tradition situe la croix plantée durant la conquête, dont il tirerait son nom. Connu alors sous le nom de Puerto de La Orotava, il servit de débouché maritime à la fertile vallée de La Orotava, d'abord pour le sucre puis, après le déclin de la canne, pour la culture qui marquerait son destin : le vin. L'exportation du malvoisie et d'autres vins canariens vers l'Angleterre attira des marchands et des consuls étrangers, qui s'établirent dans la localité et lui donnèrent très tôt un caractère cosmopolite peu courant dans les îles.

Le grand essor survint au début du XVIIIe siècle. L'éruption d'Arenas Negras de 1706, du volcan de Montaña Negra (connue populairement sous le nom d'éruption du volcan de Trevejo), ensevelit et ruina le port de Garachico, jusqu'alors le principal de Tenerife et grand exportateur du célèbre malvoisie que Shakespeare cita dans ses œuvres. Puerto de la Cruz hérita de ce rôle de premier plan et devint l'embarcadère le plus important de l'île et l'un des plus actifs de l'Atlantique, centre du commerce du vin ainsi que de la contrebande de produits manufacturés vers l'Amérique. Il convient de préciser que son essor ne fut pas dû uniquement à la ruine de Garachico : sa population croissait déjà fortement depuis le XVIIe siècle. La prospérité marchande se traduisit par une architecture seigneuriale faite de demeures, de belvédères et de chapelles qui définit encore son centre historique.

En 1772, il obtint une certaine autonomie vis-à-vis de La Orotava et en 1808 il atteignit la pleine indépendance municipale, adoptant le nom de Puerto de la Cruz. Ce siècle apporta également deux jalons d'une portée universelle. En 1788, une ordonnance royale de Charles III créa le Jardin d'Acclimatation de La Orotava, confié à Alonso de Nava-Grimón, marquis de Villanueva del Prado, afin d'acclimater des plantes exotiques rapportées des tropiques avant de les envoyer aux jardins royaux de la Péninsule ; ainsi naquit le deuxième plus ancien jardin botanique d'Espagne.

En juin 1799, le naturaliste Alexander von Humboldt fit escale à Tenerife en route vers l'Amérique. Il gravit le Teide, visita le jardin botanique et fut ébloui par la vallée de La Orotava, qu'il décrivit comme l'un des paysages les plus beaux et les plus majestueux qu'il eût jamais contemplés. Ses paroles donnèrent une renommée internationale au lieu et contribuèrent à forger l'image romantique de la vallée qui attirerait les voyageurs du siècle suivant.

Cette attraction se cristallisa dans la naissance du tourisme. Tout au long du XIXe siècle, des médecins et des voyageurs britanniques recommandèrent le climat doux et stable de Puerto comme remède aux maladies respiratoires, et la localité se transforma en station d'hiver pour une clientèle aristocratique et bourgeoise européenne. Apparurent des hôtels pionniers, une colonie britannique stable et des constructions aussi singulières que la bibliothèque anglaise de 1903. Puerto de la Cruz gagna ainsi le titre de première destination touristique des Canaries et l'une des plus précoces d'Espagne.

Le XXe siècle consolida cette vocation sous le sceau de l'art. L'artiste de Lanzarote César Manrique conçut le Lago Martiánez, inauguré en 1977 sur les anciennes mares de Martiánez où se baignaient les premiers touristes : un grand complexe de piscines, d'îles et de jardins d'eau de mer intégré au paysage volcanique, aujourd'hui déclaré Bien d'Intérêt Culturel. Des années plus tard, Manrique signerait également l'aménagement paysager de la Playa Jardín. En 1972, l'entrepreneur allemand Wolfgang Kiessling ouvrit le Loro Parque, qui d'un petit parc de perroquets devint l'un des zoos les plus reconnus au monde et un moteur touristique de la ville.

Aujourd'hui, Puerto de la Cruz allie son héritage historique à la modernité : le vieux centre autour de la Plaza del Charco, le vieux môle de pêche où travaillent encore les barques, le château de San Felipe transformé en espace culturel et un projet de port de plaisance et de pêche qui aspire à doter la ville, cinq siècles plus tard, d'une marina à la hauteur de son histoire maritime. Il demeure le cœur touristique du nord de Tenerife, fidèle au mélange de mer, de jardins et de cosmopolitisme qui le rendit célèbre.