Antes de la conquista castellana, el territorio que hoy ocupa Arafo se integraba en el menceyato de Güímar, uno de los nueve reinos guanches en que se dividía Tenerife. Los aborígenes aprovechaban las nacientes de agua del barranco de Añavingo y las laderas del valle para el pastoreo y la recolección. Tras la incorporación de la isla a la Corona de Castilla en 1496, el Adelantado Alonso Fernández de Lugo repartió tierras y aguas entre los conquistadores: ya en 1503 y 1504 se otorgaron datas en la zona, y en 1509 Gonzalo de Mejías traspasó agua y tierras al convento agustino del Espíritu Santo de La Laguna, que canalizó las aguas de Añavingo y convirtió a los frailes en los principales propietarios del lugar.

Durante el siglo XVI fueron asentándose nuevos pobladores en torno a núcleos como El Aserradero y Perdomo, y los agustinos introdujeron la devoción por San Agustín. Al no tener parroquia propia, los vecinos acudían a Candelaria a cumplir sus obligaciones religiosas. La prosperidad agrícola permitió levantar una ermita entre 1672 y 1690, dedicada a San Juan Degollado (la Degollación de San Juan Bautista). A comienzos del siglo XVIII el pueblo creció y tomó conciencia de su identidad: en 1738 se iniciaron los trámites para erigir parroquia propia.

Un acontecimiento marcó para siempre el paisaje de Arafo: la erupción del volcán de Las Arenas, entre el 2 de febrero y el 27 de marzo de 1705. Sus malpaíses obligaron a desplazar el caserío hacia el norte, en torno a la nueva iglesia, que se convirtió en el núcleo más poblado. El 17 de octubre de 1795 el obispo Antonio Tavira decretó la creación de la parroquia de San Juan Degollado, independiente de Candelaria. Lograda la segregación parroquial, los vecinos consiguieron elegir cargos públicos propios: el 1 de enero de 1798 Felipe Marrero fue el primer alcalde pedáneo, y con la Constitución de Cádiz de 1812 Arafo quedó constituido como municipio independiente.

El siglo XIX estuvo condicionado por crisis económicas y una estructura agraria gravada con censos; con la Desamortización las tierras pasaron a pocas familias, como los Batista. Tras un máximo de 1.849 habitantes en 1877, la emigración a América y la crisis de la cochinilla redujeron la población, que repuntó a fin de siglo con la exportación de papa y tomate y la mejora de las comunicaciones.

A lo largo del siglo XX, Arafo cuidó con esmero su trazado urbano, lo que le valió varios premios de embellecimiento y, en 1981, el Segundo Premio Nacional de Turismo de Embellecimiento y Mejora de los Pueblos Españoles. Como colofón, el Gobierno de Canarias le concedió el título de Villa en 1983. La vida sociocultural giró en torno a sus centros recreativos, encabezados por el Casino Unión y Progreso, fundado en febrero de 1906. En 1994 se inauguraron obras de gran calado, como el Auditorio Juan Carlos I, el Conservatorio y los locales de ensayo, abiertos solemnemente por los Reyes de España el 24 de junio de 1994.

Pero si por algo es conocido Arafo en toda Canarias es por su fortísima tradición musical, caso casi único de un pueblo con dos bandas centenarias rivales. La historia arranca en 1860 con una banda infantil que, renovada a comienzos del siglo XX, se convirtió en la Sociedad Filarmónica Nivaria; de ella se escindió en 1925 la Agrupación Artístico-Musical La Candelaria, que debutó en Candelaria el 2 de febrero de 1926. Ambas, junto a corales como la María Auxiliadora (1946), mantienen viva una identidad musical que culmina cada agosto en el Certamen de Bandas. A esta seña se suman las alfombras de flores y brezo del Corpus Christi, la agricultura de medianías y los vinos amparados por la Denominación de Origen Valle de Güímar.

Hoy Arafo es un municipio de algo menos de 6.000 habitantes que combina su casco histórico cuidado y florido, una agricultura de calidad, un polígono industrial en la costa y una oferta de naturaleza extraordinaria, con el barranco de Añavingo y los senderos que ascienden hasta la Corona Forestal y la dorsal de la cumbre, en el entorno del Parque Nacional del Teide.