Die Geschichte von Adeje reicht bis in die Zeit der Guanchen zurück, als dieses Gebiet im Südwesten Teneriffas Hauptort eines der neun Menceyate war, in die die Insel aufgeteilt war. Die von den Chronisten überlieferte Tradition verortet hier den Hof von Tinerfe dem Großen, dem mächtigen Mencey, der eine Generation vor der Eroberung von Adeje aus die gesamte Insel beherrschte. Nach seinem Tod teilten seine Söhne das Gebiet in Menceyate auf, und Adeje fiel den Chroniken zufolge dem Geschlecht des Atbitocazpe zu; am Vorabend der Eroberung herrschte der Mencey Pelinor. Auch der Ortsname selbst stammt aus der Sprache der Ureinwohner und wurde als "Berg" oder "schroffes Bergmassiv" gedeutet, in Anspielung auf das imposante Relief, das die Gemeinde überragt.

Während der kastilischen Eroberung Teneriffas (1494-1496) unter der Führung des Adelantado Alonso Fernández de Lugo schloss sich Adeje dem sogenannten Friedensbund (bando de paces) an: Es leistete keinen bewaffneten Widerstand und arbeitete sogar mit den Eroberern zusammen. Die Eingliederung der Insel in die Krone von Kastilien wurde 1496 vollendet. Dennoch lebt die Erinnerung an den Widerstand der Guanchen in der legendären Gestalt des Ichasagua fort, jenes Menceys, der sich der Überlieferung nach in den Gipfeln des Massivs von Adeje verschanzte und auch nach der allgemeinen Kapitulation Widerstand leistete; sein Andenken bleibt mit dem Roque del Conde verbunden, auch bekannt als Festung von Ahíyo. Hier gilt es, das Dokumentierte vom Legendären zu unterscheiden: Ein großer Teil der Erzählung über Tinerfe und Ichasagua stammt von späteren Chronisten, und die moderne Geschichtsschreibung behandelt sie mit Vorsicht.

Nach der Eroberung gingen die Ländereien von Adeje an die mächtige Familie Ponte genuesischer Herkunft über, die die Seigneurie von Adeje (Señorío de Adeje) begründete, eine der wenigen herrschaftlichen Verwaltungsformen der Kanaren. Ihr Herzstück war die Casa Fuerte, eine befestigte Residenz, deren Bau Prinzessin Juana 1555 genehmigte und die um 1556 auf Betreiben von Pedro de Ponte errichtet wurde. Die Casa Fuerte war über drei Jahrhunderte lang das politische, wirtschaftliche und gesellschaftliche Zentrum der Gerichtsbarkeit von Adeje und Symbol der Macht der Ponte.

Der Motor jenes Reichtums war der Zucker. Adeje beherbergte eine der letzten Zuckermühlen Teneriffas, die vom Wasser des Barranco del Infierno angetrieben wurde und deren Produktion zu den größten der Insel zählte und in Häfen der Halbinsel und Nordeuropas exportiert wurde. Um dieses Geschäft aufrechtzuerhalten, führten die Ponte afrikanische Sklavenarbeit ein – sie unterhielten sogar Handelsbeziehungen mit dem englischen Freibeuter John Hawkins –, sodass die Wirtschaft der Seigneurie über Generationen auf Zuckerrohr, Mühle und Sklaverei beruhte. Der englische Reisende George Glas hielt im 18. Jahrhundert die zahlreichen Sklaven im Dienst des Marquis fest. Dieses afrikanische Erbe hinterließ tiefe Spuren in der Bevölkerung der Gegend.

Das Ansehen des Herrschaftshauses wuchs stetig: 1666 verlieh König Karl II. den Ponte den Titel Marquis von Adeje. Die Casa Fuerte verwahrte schließlich ein wertvolles Dokumentenarchiv, das der Historiker José de Viera y Clavijo als "den Schatz der Kanaren" bezeichnete. Doch der Niedergang des Zuckers, der durch den Weinbau und später durch andere Kulturen ersetzt wurde, ließ den Glanz der Seigneurie schwinden. Der Gebäudekomplex erlitt 1902 einen schweren Brand, der ihn in Trümmer legte; heute sind das Tor, der Wehrturm und verschiedene Mauern als Zeugnis jener Epoche erhalten.

Über Jahrhunderte lebte Adeje von einer landwirtschaftlich und fischereilich geprägten Wirtschaft. In den mittleren Höhenlagen baute man Zuckerrohr, Wein, Getreide und in jüngerer Zeit auf den Export ausgerichtete Bananen und Tomaten an; an der Küste entstanden kleine Siedlungen wie La Caleta aus der Arbeit von Fischern, die in Höhlen und einfachen Hütten lebten. Es war eine ländliche, ruhige und dünn besiedelte Gemeinde, die ihre künftige Bestimmung noch nicht erahnte.

Der große Wandel kam in der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts. Ab 1965 erwarb der Unternehmer Rafael Puig Lluvina Grundstücke an der Küste von Adeje und Arona – damals eine Ödnis ohne Wasser, Strom und Wege – und trieb die touristische Entwicklung voran, aus der Playa de las Américas hervorging. An jenem Küstenstreifen entstand Costa Adeje, heute eines der wichtigsten Reiseziele im Süden Teneriffas, mit seinen Ortsteilen El Duque, Fañabé und La Caleta. Luxushotels, Strandpromenaden und hergerichtete Strände verwandelten diese einstige Zuckerseigneurie in eine internationale touristische Größe mit fast 300 Sonnentagen im Jahr, ohne dabei die Spuren ihrer reichen Vergangenheit der Guanchen, der Herrschaft und der Seefahrt gänzlich zu verlieren.