Корни Сан-Мигель-де-Абона уходят в гуанчское население менсеятато, или вождества, Абона — одного из девяти царств, на которые делился Тенерифе до кастильского завоевания. Эта аборигенная территория простиралась примерно от оврага Часна, на границе с Адехе, до оврага Эркес, рубежа с Гуимаром. Муниципалитет хранит богатейшее археологическое наследие — около двухсот каталогизированных памятников, — что ставит его в ряд мест наибольшей этнографической ценности на острове. Жилые и погребальные пещеры в таких оврагах, как Орчилья, наскальные рисунки и площадки с чашевидными углублениями и каналами, наряду с выдающимся комплексом святилища Гуаргачо, свидетельствуют о глубокой доиспанской заселённости этих южных предгорий.

После завоевания земли Абоны были поделены и на протяжении веков входили в обширный округ Вилафлор (Часна). Основное ядро Сан-Мигеля возникло около 1665 года, когда потомки завоевателя Фернандо Гарсия дель Кастильо возвели небольшую часовню, посвящённую архангелу Михаилу, от имени которого селение и получило своё название. Поселение, расположившееся в мягкой долине предгорий с доступом к воде и строительным материалам, разрасталось под сенью культа и королевской дороги. В 1796 году часовня была возведена в ранг приходской церкви, а в 1798 году Сан-Мигелю удалось отделиться от Вилафлора и образовать самостоятельный муниципалитет.

Исторический центр развивался по линейной модели застройки, характерной для селений предгорий: дома выстроились вдоль улицы Иглесия — старой королевской дороги, соединявшей Гранадилью и Сан-Мигель с долиной Сан-Лоренсо. Вокруг этой оси сложился ансамбль традиционной канарской жилой архитектуры — одноэтажные дома и господские особняки с внутренними дворами, гильотинными окнами, кровлями из арабской черепицы и плоскими крышами, — возведённый между XVIII и XX веками на средства аграрной буржуазии. Центр венчают церковь Архангела Михаила, известная как «Южный собор», Дом Капитана (ныне Музей истории) и комплекс Эль-Кальварио. В 2013 году это ядро было объявлено объектом культурного интереса в категории исторического ансамбля, как один из наиболее хорошо сохранившихся традиционных центров юга Тенерифе.

Сан-Мигель-де-Абона является также родиной одного из великих имён канарской культуры — врача, антрополога, этнографа и историка Хуана Бетенкура Альфонсо (1847–1913), родившегося в одноэтажном доме в центре селения. Основатель Научного кабинета Санта-Крус-де-Тенерифе и сотрудник Канарского музея, он посвятил свою жизнь изучению аборигенного народа. Его главный труд, монументальная «История народа гуанчей», завершённая незадолго до смерти, оставался неопубликованным на протяжении десятилетий вплоть до выхода в свет в конце XX века, став незаменимым ориентиром для островной предыстории.

Экономика муниципалитета традиционно была сельскохозяйственной и животноводческой. В предгорьях сначала выращивали богарные зерновые — пшеницу и ячмень, — а с появлением водоводов стали процветать экспортные культуры, такие как картофель, дополняемые кошенилью и каменотёсным промыслом. Однако с 1960-х годов муниципалитет пережил глубокое преобразование: сельский исход привёл значительную часть населения к прибрежной полосе — Лас-Чафирас, Гуаргачо, Альдеа-Бланка, Гольф-дель-Сур, — где подъём туризма и сферы услуг открывал новые возможности.

Таким образом, побережье Сан-Мигеля превратилось в один из туристических полюсов юга Тенерифе, специализирующийся на резидентском туризме, связанном с гольфом. В 1987 году был открыт Golf del Sur, спроектированный Мануэлем Пиньеро, а в 1988 году — Amarilla Golf, творение Дональда Стила, два поля по 18 лунок на вулканическом ландшафте у моря. Сегодня Сан-Мигель-де-Абона насчитывает более 23 000 жителей и живёт двойной реальностью: исторического центра предгорий, хранящего память народа, и космополитичного, растущего побережья, где сосредоточена большая часть населения и экономической активности муниципалитета.