Пуэрто-де-ла-Крус зародился в XVI веке как простая пристань и рыбацкая деревня на побережье Ла-Оротавы, в том месте, где, согласно преданию, был установлен крест во время конкисты, от которого он и получил своё название. Известный тогда как Пуэрто-де-ла-Оротава, он служил морскими воротами плодородной долины Ла-Оротава, сначала для сахара, а после упадка тростника — для культуры, определившей его судьбу: вина. Экспорт мальвазии и других канарских вин в Англию привлёк иностранных купцов и консулов, которые поселились в городке и очень рано придали ему космополитический характер, необычный для островов.

Большой скачок произошёл в начале XVIII века. Извержение Аренас-Неграс 1706 года, вулкана Монтанья-Негра (в народе известное как извержение вулкана Тревехо), засыпало и разрушило порт Гарачико, до тех пор главный порт Тенерифе и крупного экспортёра прославленной мальвазии, которую Шекспир упоминал в своих произведениях. Пуэрто-де-ла-Крус унаследовал эту роль и превратился в важнейшую пристань острова и одну из самых активных в Атлантике, центр винной торговли, а также контрабанды мануфактурных товаров в Америку. Стоит уточнить, что его расцвет был обусловлен не только разорением Гарачико: его население уже бурно росло с XVII века. Торговое процветание воплотилось в усадебной архитектуре особняков, бельведеров и часовен, которая и поныне определяет его исторический центр.

В 1772 году он получил определённую автономию от Ла-Оротавы, а в 1808 году достиг полной муниципальной независимости, приняв название Пуэрто-де-ла-Крус. Это столетие принесло также два события всемирного значения. В 1788 году королевский указ Карла III учредил Акклиматизационный сад Ла-Оротавы, порученный Алонсо де Нава-Гримону, маркизу Вильянуэва-дель-Прадо, с целью акклиматизации экзотических растений, привезённых из тропиков, прежде чем отправлять их в королевские сады на полуострове; так родился второй старейший ботанический сад Испании.

В июне 1799 года натуралист Александр фон Гумбольдт сделал остановку на Тенерифе по пути в Америку. Он поднялся на Тейде, посетил ботанический сад и был поражён долиной Ла-Оротава, которую описал как один из самых прекрасных и величественных уголков, что он когда-либо созерцал. Его слова принесли этому месту международную известность и способствовали созданию романтического образа долины, который привлечёт путешественников следующего столетия.

Это притяжение воплотилось в зарождении туризма. На протяжении XIX века британские врачи и путешественники рекомендовали мягкий и устойчивый климат Пуэрто как средство от заболеваний дыхательных путей, и городок превратился в зимний курорт для аристократической и буржуазной европейской публики. Появились первые отели, постоянная британская колония и такие самобытные постройки, как английская библиотека 1903 года. Так Пуэрто-де-ла-Крус заслужил звание первого туристического направления Канарских островов и одного из самых ранних в Испании.

XX век закрепил это призвание под знаком искусства. Художник с острова Лансароте Сесар Манрике спроектировал озеро Лаго-Мартьянес, открытое в 1977 году на месте прежних заводей Мартьянеса, где купались первые туристы: большой комплекс бассейнов, островов и садов с морской водой, вписанный в вулканический ландшафт, сегодня объявленный объектом культурного значения. Несколько лет спустя Манрике также создаст благоустроенное окружение пляжа Плая-Хардин. В 1972 году немецкий предприниматель Вольфганг Кисслинг открыл Лоро-Парке, который из небольшого парка попугаев превратился в один из самых известных зоопарков мира и в туристический двигатель города.

Сегодня Пуэрто-де-ла-Крус сочетает своё историческое наследие с современностью: старый город вокруг площади Пласа-дель-Чарко, старый рыбацкий причал, где до сих пор выходят в море фелюги, замок Кастильо-де-Сан-Фелипе, превращённый в культурное пространство, и проект спортивного и рыбацкого порта, который стремится дать городу, пять веков спустя, гавань, достойную его морской истории. Он остаётся туристическим сердцем севера Тенерифе, верным той смеси моря, садов и космополитизма, которая его прославила.