Задолго до того, как была проложена первая улица, место, где сегодня возвышается Сан-Кристобаль-де-Ла-Лагуна, было известно гуанчам под названием Aguere — плодородное плоскогорье на северо-востоке Тенерифе, где находилось сезонное озеро. Равнина Aguere относится к менсейато Tegueste, хотя её также описывают как общинное пастбище на границе между Tegueste, Anaga, Güímar и Tacoronte. Вода, прохлада и пастбища делали Aguere местом перехода и отгонного скотоводства для пастухов-гуанчей, а само озеро оставило свой след в названии, под которым город будет известен навсегда. Кроме того, в окрестностях этой долины произошёл один из решающих эпизодов завоевания острова.

Основание города связано с Alonso Fernández de Lugo, аделантадо и завоевателем Ла-Пальмы и Тенерифе. Завершив завоевание острова в 1496 году, Fernández de Lugo выбрал равнину Aguere для создания первого стабильного центра кастильской власти, и между 1496 и 1497 годами родился Сан-Кристобаль-де-Ла-Лагуна. 20 октября 1497 года состоялось первое заседание Кабильдо — символа нового административного порядка. Так Ла-Лагуна стала первой столицей Тенерифе и политическим, религиозным и культурным центром острова на протяжении столетий — роль, которую она не уступит Санта-Крусу вплоть до середины XIX века.

То, что делает Ла-Лагуну уникальным случаем, — это её градостроительство. Город возник не стихийно и не за крепостными стенами, а был задуман как «город-территория», спланированный согласно гуманистическим принципам Возрождения, с регулярной сеткой улиц, выверенной навигационными инструментами, и открытый ландшафту, не нуждаясь в стенах, поскольку овраги и само озеро служили естественной защитой. Вскоре сошлись два ядра — Villa de Arriba, вокруг церкви Consepción, и Villa de Abajo. Эта модель сетчатого и неукреплённого города считается первым образцом своего рода и послужила прямым источником вдохновения для многих колониальных городов, основанных впоследствии в Америке.

Признание пришло рано и продолжалось во времени: королева Хуана I пожаловала городу его титул и герб в 1510 году, Карл I присвоил ему ранг города в 1531 году и титул Благородного и Верного в 1534 году. Спустя столетия, 2 декабря 1999 года, ЮНЕСКО включила исторический ансамбль Сан-Кристобаль-де-Ла-Лагуна в список Всемирного наследия, признав подлинность его планировки и богатство его дворянских домов, монастырей и храмов как исключительное свидетельство первого неукреплённого колониального города.

Кроме того, Ла-Лагуна — университетский город по преимуществу. Её академические корни восходят к 1701 году, но первый Литературный университет архипелага, университет Сан-Фернандо, был учреждён Королевским указом Карла IV от 11 марта 1792 года, хотя открыл свои двери лишь в 1817 году. Наследница того учреждения, нынешний Университет Ла-Лагуны, сегодня наполняет улицы студентами и придаёт городу молодую, культурную и живую атмосферу, которая соседствует с торжественностью его старого центра.

Этот старый центр являет необыкновенное наследие. Наряду с Кафедральным собором Nuestra Señora de los Remedios и церковью Consepción — старейшим приходом Тенерифе с её знаменитой башней — выделяются Real Santuario del Santísimo Cristo, монастыри, такие как Santa Catalina de Siena или San Agustín, и череда дворцов и особняков с их характерными канарскими патио, балконами из канарской сосны и резными порталами. Улицы вроде San Agustín или Adelantado сохраняют нетронутым дух города купцов и аристократов, каким он был.

Наконец, Ла-Лагуна обращена к природе через массив Anaga, объявленный ЮНЕСКО биосферным заповедником 9 июня 2015 года. Этот древнейший массив, разделённый с Санта-Крусом и Тегесте, хранит одну из крупнейших в мире областей лаврового леса и наибольшую в Европе концентрацию эндемичных видов. Между строгостью своего ренессансного плана, студенческим оживлением, благочестием своих праздников и туманом лесов Anaga нынешний город, как немногие, хранит живой память о пяти веках истории.